Las excavaciones arqueológicas realizadas en el patio frontal de la pirámide con rampa 13 revelaron evidencias de ocupación del periodo inca, de los inicios de la colonia y un evento de quema intencional de un importante grupo de fardos funerarios de elite.
Recientes excavaciones en el patio delantero del edificio han revelado, en asociación a materiales hispanos, los restos de un evento colonial en el que 82 esqueletos humanos prehispánicos de diferentes edades y sexo, previamente enterrados, fueron despojados de parte de su ajuar funerario y concentrados en tres núcleos para ser incinerados a altas temperaturas. Este acto de quema, sugiere la clara intención de la destrucción de contextos sagrados prehispánicos, para erradicar el culto a los ancestros en Pachacamac.