Quienes han visitado el santuario de Pachacamac pueden constatar que el complejo arqueológico se encuentra estrechamente vinculado a sus diversos ecosistemas y a sus distintos paisajes. Así, en este lugar privilegiado por la diversidad de ecosistemas la vida también es abundante.
La presencia de los cultivos prehispánicos en el santuario de Pachacamac es un reconocimiento a la importancia de la agricultura para las culturas andinas desde épocas ancestrales. Así los ciclos agrícolas se constituyen en ciclos vitales y en una manera de relacionarnos nuevamente con la tierra, los cuidados de los alimentos, sus características y beneficios.
Las excavaciones arqueológicas en Pachacamac nos han mostrado que durante el periodo Inca hubo un uso intenso de las plazas. En estas plazas se realizaban festines en ocasiones especiales, en los que se consumía cuy, camélidos, venado, pescado, mariscos y productos de la chacra como frejol, maíz, camote, maní, ají, guayaba, palta, entre otros. Los residuos arqueológicos de estos productos se han encontrado en las excavaciones, especialmente en la calle Norte-Sur y en la Segunda Muralla.
Asi mismo con financiamiento del BID (Banco Interamericano de Desarrollo) y con la finalidad de rescatar y difundir la importancia de los cultivos prehispánicos en el santuario de Pachacamac se implemento un programa educativo para las escuelas del entorno. Dicho programa está organizado en cuatro talleres que tienen como eje la implementación de una parcela agrícola demostrativa en el museo de sitio con participación de escolares y profesores. Asimismo, se vincula la agricultura de los productos prehispánicos con las investigaciones arqueológicas y la continuidad histórica de los usos sociales del santuario en el entorno del valle de Lurín.
La llama y la alpaca fueron los animales más importantes para el hombre andino prehispánico, y su domesticación empezó hace 5000 años. La llama era utilizada principalmente como animal de carga, lo que facilitaba los viajes a largas distancias. Al contrario de la llama, la alpaca fue criada principalmente por su fibra utilizada en la fabricación de tejidos.
En general el hombre andino aprovechó al máximo los camélidos, elaborando inclusive con sus huesos, instrumentos para el tejido. Por último, el excremento (takya) era un excelente combustible.
El cuy es un pequeño roedor oriundo de los Andes. Está considerado como una especie tradicional, propia de nuestras serranías y fue criado y consumido hace más de 4000 años. En algunas tumbas han sido hallados restos de cuy en calidad de ofrendas ya que su crianza y consumo fue muy importante para la población del antiguo Perú.
El santuario de Pachacamac es un lugar desde donde se puede observar una gran variedad de aves: cernícalos, halcones y, con mayor frecuencia, el gallinazo, común en esta zona. Si caminamos por la zona monumental, nos podemos encontrar con huerequeques, en la huerta podemos observar el vuelo del colibrí y del turtupillín. También surcan el cielo de Pachacamac, golondrinas, lechuzas y aves marinas y migratorias. En las inmediaciones, la laguna de Urpicocha recibe cientos de aves migratorias.
Comúnmente se cree que el perro sin pelo era el único can domestico criado en tiempos prehispánicos. Esta creencia no es cierta, pues los antiguos peruanos convivían con diversas razas de perros, siendo la del perro sin pelo una más. El perro peruano sin pelo es muy frecuente en la costa norte y sus representaciones en cerámica aparecen en Pachacamac durante la época Inca. Este perro es patrimonio cultural de la Nación y es protegido por el Estado.
Los estudios realizados en Pachacamac han reportado una serie de entierros de perros con pelo quienes ostentan baja altura.