Parte del programa de conservación preventiva del Museo de Sitio de Pachacamac es el plan de Manejo Integrado de Plagas. Dicho programa consiste en el conocimiento y monitoreo de todos aquellos individuos que puedan constituir una amenaza a las colecciones, principalmente, al material orgánico.

Este monitoreo nos permite conocer las poblaciones bases de diversos insectos tanto en los depósitos como en la sala de museos y de esta manera es capaz de identificar posibles infestaciones y amenazas antes de que éstas se salgan de control y afecten seriamente la colección.

De la misma manera, este programa permite la minimización de servicios de fumigación generalizados que pueden afectar tanto al material mueble patrimonial como a sus servidores y visitantes.